Studi Keragaman Genetik Gurami (Osphronemus Goramy) dengan Pendekatan Sekuen 5S rDNA

Gurami (Osphronemus goramy, Lac) merupakan ikan budidaya asli Indonesia yang mempunyai nilai ekonomis tinggi dan memiliki variasi subspecies dengan perbedaan fenotip, pertumbuhan maupun laju sintasan selama pemeliharaan. Meskipun demikian karakterisasi keragaman genetik seara molekuler genetik belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik subspesies gurami dengan pendekatan sekuen 5S rDNA.

Sampel-sampel subspesies gurami dari daerah Yogyakarta dan Purwokerto diisolasi genomik DNAnya dengan menggunakan metode Wasko dkk. Primer spesifik didesain untuk mengamplifikasi 5S rDNA berdasarkan data gene bank no akses AY945261 "Oreochromis niloticus clone On5StII7A 5S ribosomal RNA genes and nontranscribed spacer, partial sequence". Hasil amplifikasi dengan PCR tehadap genomik DNA gurame sebagai templatenya dipotong dengan BamHI/EcoRI dan disisipkan pada vektor pBSKSII dan disekuensing dengan primer T7.

Hasil analisis menunjukkan bahwa sekuen 5S rDNA dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik gurami. Analisis blast menunjukkan sekuen 5S rDNA pada bagian tertransripsikan menjadi 5S RNA (transcribed region) mempunyai homologi yang sangat tinggi, sedangkan bagian yang tidak tertranskripsi (nontranscribed region). Bagian yang tidak tertranskripsi (nontranscribed region) gurame bersifat unik dan sangat rendah nilai homologinya dengan sesies lain. Dari analisis multiple alignment mendapatkan, tingkat keragaman genetik gurame tertinggi sebesar 97% dan gurame asal Yogyakarta mempunyai keragaman genetik yang lebih tinggi dibandingkan dengan gurame asal Purwokerto